Thuế Khi Kinh Doanh Qua Sàn Thương Mại Điện Tử 2025: Hướng Dẫn Chi Tiết Và Cập Nhật Mới Nhất

Trong bối cảnh kinh tế số phát triển mạnh mẽ tại Việt Nam, kinh doanh qua sàn thương mại điện tử (TMĐT) như Shopee, Lazada, Tiki hay Sendo đã trở thành lựa chọn phổ biến cho hàng triệu cá nhân, hộ kinh doanh và doanh nghiệp. Theo báo cáo từ Bộ Công Thương, doanh thu TMĐT Việt Nam dự kiến vượt 25 tỷ USD vào năm 2025, tăng 20% so với năm trước. Tuy nhiên, song song với cơ hội là nghĩa vụ tuân thủ pháp luật thuế, đặc biệt với các quy định mới từ Nghị định 117/2025/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 1/7/2025. Nếu không nắm vững thuế khi kinh doanh qua sàn thương mại điện tử, bạn có thể gặp rủi ro phạt nặng, truy thu thuế, thậm chí ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh.

Bài viết này sẽ cung cấp hướng dẫn toàn diện về thuế khi kinh doanh qua sàn thương mại điện tử, dựa trên các chính sách mới nhất từ Tổng cục Thuế và Bộ Tài chính. Chúng tôi sẽ phân tích các loại thuế áp dụng, thủ tục kê khai, thay đổi quan trọng năm 2025, cũng như cách tối ưu hóa để giảm thiểu rủi ro. Là agency thuế chuyên nghiệp, EZThue – với mô hình đăng ký dịch vụ theo gói dành cho SME và hộ kinh doanh tại Việt Nam – cam kết hỗ trợ bạn vượt qua những thách thức này. Với các gói dịch vụ linh hoạt từ 500.000 VNĐ/tháng, EZThue giúp bạn kê khai thuế tự động, tư vấn miễn phí và đảm bảo tuân thủ 100%.

Hãy cùng tìm hiểu để bảo vệ quyền lợi kinh doanh của bạn trong kỷ nguyên số!

1. Tổng Quan Về Thuế Khi Kinh Doanh Qua Sàn Thương Mại Điện Tử

Thuế khi kinh doanh qua sàn thương mại điện tử là nghĩa vụ mà mọi cá nhân, hộ kinh doanh và doanh nghiệp phải thực hiện khi tham gia bán hàng, cung cấp dịch vụ qua các nền tảng trực tuyến. Theo Luật Quản lý thuế 2019 và các nghị định liên quan, TMĐT được định nghĩa là hoạt động kinh doanh sử dụng mạng internet, mạng di động hoặc các phương tiện điện tử khác để thực hiện giao dịch.

Các đối tượng chính:

• Cá nhân, hộ kinh doanh: Thường bán hàng online qua sàn, chịu thuế theo phương pháp khoán (tỷ lệ phần trăm trên doanh thu).
• Doanh nghiệp (công ty TNHH, cổ phần): Áp dụng thuế theo quy định chung như thuế GTGT, TNDN, nhưng không bị sàn khấu trừ thay.
• Sàn TMĐT: Vai trò trung gian, phải khấu trừ và nộp thuế thay cho người bán cá nhân/hộ từ 1/7/2025 theo Nghị định 117/2025/NĐ-CP.

Năm 2025 đánh dấu bước ngoặt lớn với việc siết chặt quản lý thuế TMĐT. Theo Tổng cục Thuế, trong 6 tháng đầu năm 2025, thu thuế từ TMĐT đạt hơn 120.000 tỷ VNĐ, tăng 60% so với cùng kỳ 2024, nhờ áp dụng công nghệ số hóa và kết nối dữ liệu giữa sàn và cơ quan thuế.

Tại sao cần quan tâm? Nếu bỏ qua, bạn có thể bị phạt từ 20-100% số thuế thiếu, lãi phạt 0.03%/ngày, thậm chí truy cứu hình sự nếu trốn thuế trên 100 triệu VNĐ. Ngược lại, tuân thủ đúng giúp tối ưu chi phí, tăng uy tín và dễ dàng tiếp cận vốn vay.

2. Các Loại Thuế Áp Dụng Khi Kinh Doanh Qua Sàn TMĐT

Thuế khi kinh doanh qua sàn thương mại điện tử bao gồm hai loại chính: thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập cá nhân (TNCN) đối với cá nhân/hộ; còn doanh nghiệp chịu thêm thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) và các loại khác.

2.1. Thuế Giá Trị Gia Tăng (GTGT)

• Đối với cá nhân, hộ kinh doanh: Từ 1/7/2025, sàn TMĐT khấu trừ GTGT theo tỷ lệ trên doanh thu:

  • Bán hàng hóa: 1%.
  • Cung cấp dịch vụ: 5%.
  • Vận tải và dịch vụ gắn với hàng hóa: 3%.
  • Nếu không xác định được loại hình, áp dụng mức cao nhất 5%.

  Ngưỡng chịu thuế: Từ năm 2026, chỉ áp dụng nếu doanh thu vượt 200 triệu VNĐ/năm (tăng từ 100 triệu VNĐ theo quy định cũ).

• Đối với doanh nghiệp: Áp dụng thuế suất chuẩn 10% (giảm tạm thời xuống 8% đến 30/6/2025 theo Nghị quyết 174/2024/QH15). Doanh nghiệp tự kê khai và nộp, không bị sàn khấu trừ. Được khấu trừ đầu vào nếu có hóa đơn hợp lệ.

Ví dụ: Một hộ kinh doanh bán quần áo qua Shopee với doanh thu 300 triệu VNĐ/năm, sàn sẽ khấu trừ 1% GTGT (3 triệu VNĐ) ngay khi giao dịch thành công.

2.2. Thuế Thu Nhập Cá Nhân (TNCN)

• Đối với cá nhân, hộ kinh doanh cư trú: Tỷ lệ khấu trừ:

  • Bán hàng hóa: 0.5%.
  • Dịch vụ: 2%.
  • Vận tải và dịch vụ gắn với hàng: 1.5%.
  • Tổng thuế suất: 1.5% cho hàng hóa, 7% cho dịch vụ, 4.5% cho vận tải.

  Cá nhân nước ngoài: 1% cho hàng hóa, 5% cho dịch vụ, 2% cho vận tải.

• Đối với doanh nghiệp: Không áp dụng TNCN mà thay bằng TNDN 20% trên lợi nhuận.

Theo Nghị định 117/2025, sàn phải khấu trừ ngay mỗi giao dịch, báo cáo hàng quý cho cơ quan thuế. Nếu giao dịch hủy hoặc trả hàng, sàn bù trừ thuế đã khấu trừ.

2.3. Thuế Thu Nhập Doanh Nghiệp (TNDN)

Chỉ áp dụng cho doanh nghiệp đăng ký kinh doanh. Thuế suất 20%, tính trên thu nhập chịu thuế = Doanh thu – Chi phí hợp lý. Ưu đãi: 15% cho doanh nghiệp nhỏ (doanh thu dưới 3 tỷ VNĐ), miễn thuế 4 năm cho dự án TMĐT công nghệ cao theo Luật TNDN 2025.

Chi phí được trừ: Quảng cáo online (Google, Facebook), phí sàn TMĐT, vận chuyển, nhưng phải có chứng từ điện tử.

2.4. Các Loại Thuế Khác

• Thuế tiêu thụ đặc biệt: Áp dụng cho hàng hóa như rượu bia, thuốc lá bán online.
• Thuế xuất nhập khẩu: Nếu nhập hàng qua TMĐT, kê khai tại cửa khẩu; hàng dưới 1 triệu VNĐ không miễn thuế từ 18/2/2025.
• Lệ phí môn bài: Từ 2-3 triệu VNĐ/năm tùy quy mô.

Theo khảo sát từ Hiệp hội TMĐT Việt Nam (VECOM), hơn 60% người bán online chưa nắm rõ các loại thuế này, dẫn đến sai sót phổ biến.

3. Thủ Tục Kê Khai Và Nộp Thuế Khi Kinh Doanh Qua Sàn TMĐT

Thuế khi kinh doanh qua sàn thương mại điện tử đòi hỏi thủ tục số hóa cao, đặc biệt từ năm 2025.

3.1. Đối Với Cá Nhân, Hộ Kinh Doanh

• Khấu trừ tự động: Sàn khấu trừ thuế ngay khi giao dịch thành công, nộp thay hàng quý (trước ngày 30 của tháng đầu quý tiếp theo).
• Kê khai bổ sung: Nếu doanh thu vượt ngưỡng, cá nhân tự kê khai quyết toán năm qua app eTax hoặc iHTKK.
• Đăng ký mã số thuế: Bắt buộc nếu doanh thu trên 100 triệu VNĐ (tăng lên 200 triệu từ 2026). Sàn hỗ trợ đăng ký qua nền tảng.

Ví dụ: Bán hàng trên Lazada, sàn trừ 1.5% mỗi đơn hàng, gửi báo cáo hàng tháng cho người bán.

3.2. Đối Với Doanh Nghiệp

• Kê khai GTGT: Hàng tháng/quý qua eTax, sử dụng hóa đơn điện tử bắt buộc.
• Kê khai TNDN: Tạm tính quý, quyết toán năm.
• Báo cáo dữ liệu: Nếu là sàn TMĐT lớn, phải báo cáo dữ liệu người bán cho cơ quan thuế.

Thời hạn: Nộp tờ khai trước ngày 20 tháng tiếp theo (GTGT hàng tháng) hoặc ngày 30 tháng đầu quý (hàng quý).

EZThue hỗ trợ gói “EZ TMĐT Basic” với tích hợp API sàn, tự động kê khai, giúp tiết kiệm 50% thời gian.

3.3. Xử Lý Giao Dịch Hủy/Trả Hàng

Theo Nghị định 117/2025, sàn bù trừ thuế đã khấu trừ cho giao dịch hủy. Người bán cung cấp chứng từ để điều chỉnh, tránh nộp thừa.

4. Thay Đổi Mới Về Thuế Khi Kinh Doanh Qua Sàn TMĐT Năm 2025

Năm 2025 chứng kiến nhiều cập nhật quan trọng:

• Nghị định 117/2025/NĐ-CP (hiệu lực 1/7/2025): Sàn phải khấu trừ thuế thay, áp dụng cho mọi giao dịch thành công. Truy thu thuế từ năm 2025 trở về trước nếu phát hiện sai sót.
• Tăng ngưỡng chịu thuế: Từ 2026, 200 triệu VNĐ/năm cho GTGT.
• Tích hợp công nghệ: Sàn kết nối dữ liệu thời gian thực với Tổng cục Thuế, giúp phát hiện trốn thuế nhanh chóng.
• Thuế cho người nước ngoài: Siết chặt, sàn nộp thay nếu cá nhân không cư trú.

Theo VnExpress, ba quy định mới: Khấu trừ ngay, bù trừ hủy hàng, và trách nhiệm sàn báo cáo.

Hậu quả nếu không cập nhật: Phạt hành chính lên đến 100 triệu VNĐ, xếp hạng rủi ro cao dẫn đến kiểm tra đột xuất.

5. Rủi Ro Thuế Và Cách Phòng Tránh Khi Kinh Doanh Qua Sàn TMĐT

Thuế khi kinh doanh qua sàn thương mại điện tử chứa đựng nhiều rủi ro nếu không quản lý tốt.

5.1. Rủi Ro Phổ Biến

• Sai sót kê khai: Không khai doanh thu online, dẫn đến truy thu + phạt 20%.
• Trốn thuế chuyển giá: Giao dịch với liên kết nước ngoài, phạt 20% số thuế thiếu.
• Hóa đơn không hợp lệ: Không xuất hóa đơn điện tử, phạt 4-8 triệu VNĐ/lần.
• Vi phạm ngưỡng: Doanh thu vượt nhưng không đăng ký thuế, xử lý hình sự nếu lớn.

Theo Dân Trí, nhiều người bán online phải nộp bổ sung hàng trăm triệu VNĐ do không biết quy định mới.

5.2. Cách Phòng Tránh

• Rà soát doanh thu hàng tháng, sử dụng phần mềm quản lý như KiotViet tích hợp thuế.
• Đào tạo nhân sự, cập nhật luật qua hội thảo Bộ Tài chính.
• Sử dụng dịch vụ chuyên nghiệp: EZThue cung cấp gói “EZ Pro TMĐT” với kiểm toán nội bộ, cảnh báo rủi ro AI, chỉ 1.500.000 VNĐ/tháng.

Hơn 70% khách hàng EZThue tránh được phạt nhờ hỗ trợ kịp thời.

6. Lợi Ích Của Việc Tuân Thủ Thuế Và Tối Ưu Hóa

Tuân thủ thuế khi kinh doanh qua sàn thương mại điện tử không chỉ tránh rủi ro mà còn mang lợi ích:

• Tăng uy tín với khách hàng và đối tác.
• Được ưu đãi vay vốn từ ngân hàng.
• Tối ưu chi phí: Khấu trừ đầu vào, ưu đãi thuế cho TMĐT công nghệ.

Case study: Một hộ kinh doanh trên Tiki sử dụng EZThue, giảm 25% thuế hợp pháp nhờ phân loại đúng giao dịch, doanh thu tăng 40% mà không lo rủi ro.

7. Vai Trò Của Sàn TMĐT Trong Quản Lý Thuế

Sàn như Shopee phải:

• Khấu trừ thuế tự động.
• Báo cáo dữ liệu người bán hàng quý.
• Hỗ trợ đăng ký mã số thuế.

Nếu sàn không thực hiện, bị phạt nặng, gián tiếp ảnh hưởng đến người bán.

8. Hướng Dẫn Sử Dụng Dịch Vụ EZThue Cho Kinh Doanh TMĐT

EZThue – đối tác tin cậy cho SME và hộ kinh doanh:

• Gói Basic: Kê khai thuế hàng tháng, với chi phí chỉ từ 500.000 VNĐ.
• Gói Pro: Tối ưu thuế, tư vấn chuyển giá, tích hợp sàn TMĐT.
• Lợi ích: Hỗ trợ 24/7, app di động theo dõi, giảm 30% chi phí thuế.

Hàng nghìn khách hàng đã tin dùng, đặc biệt trong TMĐT.

9. Xu Hướng Thuế TMĐT Tương Lai

Từ 2026, dự kiến áp dụng blockchain cho minh bạch thuế, tích hợp AI phát hiện gian lận. Doanh nghiệp cần chuẩn bị số hóa toàn diện.

Kết Luận: Hành Động Ngay Để Tuân Thủ Thuế Khi Kinh Doanh Qua Sàn TMĐT

Thuế khi kinh doanh qua sàn thương mại điện tử năm 2025 đòi hỏi sự chủ động từ mọi đối tượng. Với Nghị định 117/2025 và các thay đổi mới, đây là lúc để cập nhật và tối ưu. Đừng để rủi ro thuế cản trở sự phát triển – liên hệ EZThue ngay hôm nay để tư vấn miễn phí và đăng ký gói dịch vụ phù hợp!